Alejandro Selkirk fait partie d'un trio d'îles qui composent l'archipel Juan Fernandez, une réserve mondiale de biosphère de l'UNESCO située à environ 375 milles au large de Valparaiso. L'île porte le nom d'Alexandre Selkirk, la véritable source d'inspiration de Robinson Crusoé, qui s'est échoué sur l'île au début des années 1700. (Une autre île de la chaîne porte le nom du personnage emblématique de Daniel Defoe ; la troisième est Santa Clara.)
Une barrière biogéographique causée par le courant de Humboldt passe entre le Chili continental et l'archipel Juan Fernandez, créant un écosystème distinct qui ressemble davantage à ceux trouvés. dans le Pacifique Sud qu'en Amérique du Sud. Les îles abritent de nombreuses flores et faunes rares et endémiques, notamment l'otarie à fourrure Juan Fernández, le colibri à couronne de feu, en danger critique d'extinction, et trois espèces de pétrels : le Juan Fernández, le Stejneger et le Masatierra. Ils sont également la Mecque des amateurs de plongée, réputés pour leurs eaux claires et la diversité de leur vie marine. L'île Alejandro Selkirk est montagneuse et densément boisée. les falaises le long de sa côte est accidentée atteignent plus de 3 280 pieds de haut. Le Masafuera Rayadito, en danger critique d'extinction, est une espèce d'oiseau rare endémique de l'île, tout comme l'orchidée Juan Fernández et d'autres espèces.
