Enclavée dans le Land de Basse-Saxe, Bremerhaven est située sur la rive orientale de l'embouchure la rivière Weser à l'endroit où celle-ci se jette dans la mer du Nord, en face de la cité de Nordenham. Bremerhaven se trouve à plus de 50 km au nord de la ville de Brême qui se situe en amont de la rivière.